O Ensino no CNC centra-se nos Estudos Graduados em Biociências e Biomedicina, particularmente nas áreas de Biologia Celular e Molecular, Neurociências e Biotecnologia. Pretende-se que alunos de Mestrado e Doutoramento sejam expostos a diferentes aspectos, perspectivas, técnicas e modelos através de programas interactivos com uma forte componente internacional. Para além de colaborar com Programas de Mestrado da Universidade de Coimbra, como o Mestrado em Biologia Celular e Molecular, o CNC estableceu o Programa Doutoral em Biologia Experimental e Biomedicina (BEB).
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